Le ipotesi sulle origini di Bolgheri e sul suo etimo sono molte. Qualcuno le ritiene legate a un ipotetico "conte Bolgàrio". Forse però la congettura più accettabile, a cui può far capo anche l'eventuale Bolgario, è quella di una derivazione dal patronimico "Bùlgaro", come "appartenente al popolo di stirpe unna dei Bulgari", nome già documentato nell'VIII secolo in forme latinizzate, come Bulgarus, Bulgarellus, Bulgarinus.

Tale diffusione di derivazioni si spiega con il fatto che consistenti nuclei di Bulgari vennero in Italia a più riprese, come mercenari o ausiliari dei Longobardi, già nel 568, allorché Alboino, re degli uomini dalle "lunghe barde", si affacciò sul "bel Paese" dal passo del Prédil, e successivamente con Grimoaldo e altri re o duchi longobardi. Esistono infatti altre località con lo stesso etimo e tutte in zone di forte insediamento longobardo: Bulgarogrosso (Como), Bòlgare (Bergamo), Bòrgaro Torinese (Torino), Bolgarello (Pavia, capitale del regno longobardo).

Dall'ottavo secolo fin verso il Mille, il nome ricorrente era "Sala del Duca Allone". Anche Allone era un duca longobardo, rivale del ramo dei figli di Ratcauso, Tachiperto di Lucca e il "pisano" Walfredo dal quale i conti Della Gherardesca si ritengono discendenti. Anche se il toponimo "Sala del Duca Allone" figurava ancora intorno al Mille, il nome di Bolgheri aveva preso a comparire già nel secolo precedente e pian piano finì col sostituire il toponimo precedente, con l'avvicendamento del dominio pisano al preesistente dominio lucchese di Allone.

Nel Trecento presero consistenza i primi tentativi di espansione verso il mare da parte di Firenze, la cui potenza militare aumentava di pari passo con la una inarrestabile crescita economica. Pisa, assai più disinvolta sul mare che non sulla terraferma, incontrò crescenti difficoltà a tenere unito il proprio territorio contro le tendenze espansionistiche fiorentine e, negli scontri che si verificarono a più riprese qua e là, Bolgheri fu una delle località periferiche che maggiormente ebbero a subirne le conseguenze, come nel 1396, quando vi si registrarono gravi "incendi e devastazioni".